Один из основных этапов в подготовке собранного урожая семян или зерна к хранению предполагает несколько видов очистки зерновой массы: предварительную, первичную и вторичную. Избавление от примесей растительных остатков (соломы, половы, семян и вегетативных частей других культур), различных частичек мусора и минеральных включений способствует повышению качественных характеристик зерна в период его послеуборочного дозревания, улучшает аэрацию зерновой массы, предотвращает увеличение её влажности и возможности поражения фитопатогенами. 

Чтобы качественно и с наименьшими потерями сохранить собранный урожай, очень важно учитывать физиологические процессы, происходящие в зернах и семенах различных сельскохозяйственных культур до и во время хранения. Наиболее важные из них – дыхание и послеуборочное дозревание семян. 

В период послеуборочного дозревания завершается синтез питательных высокомолекулярных веществ, представляющих собой энергетические запасы семян. Простые органические соединения превращаются в сложные, главным образом белки, жиры и углеводы, при этом активная деятельность ферментов заметно снижается. 

По сравнению с зерном в фазе восковой спелости, которое не готово к прорастанию, зерно после дозревания (в твёрдой фазе) обладает высоким потенциалом всхожести, что при благоприятных условиях может привести к его преждевременному прорастанию. Чтобы избежать таких нежелательных последствий, следует обеспечить зерновой массе определенную влажность и температуру хранения.  

Зерно после уборки в зависимости от погодных условий может иметь различную влажность. В случае, если этот показатель превышает критическую величину – 14% для злаковых культур (а иногда он может достигать 30% и даже более) и 8 – 10% для семян масличных растений – требуется провести сушку зерновых масс. Таким образом, удастся снизить интенсивность дыхания зерна, которая зависит от температуры окружающей среды, влажности и степени аэрации зерновой массы. Чем ниже температура зерна, тем менее активны в нем процессы дыхания, и тем выше допустимая влажность его хранения. Например, для зерна пшеницы, при температуре его хранения равной или близкой к 0°С, влажность 17% не является критической и позволяет качественно сохранить весь урожай. 

Из применяемых в современных технологиях хранения зерна методов наиболее распространены вентилирование и сушка. Чтобы уменьшить влажность зерновой массы, её обрабатывают потоком сухого и теплого воздуха, температура которого находится в пределах 40...55°С. При более высоких температурах может произойти перегрев зерна и потеря его жизнеспособности. С помощью вентилирования и просушивания влажность зерна снижается до 14 – 15%. 

Из-за разнородности зерновой массы, включающей как целые, так и дробленые, а также зёрна различной величины, распределение влажности в ней происходит неравномерно, что также создаёт неблагоприятные условия для качественного хранения. Поврежденные, мелкие, недозревшие, суховейные или морозобойные зерна отличаются повышенной активностью дыхательного процесса. Кроме того, они более активно адсорбируют влагу и способствуют развитию болезнетворных микроорганизмов. Устраняют такую проблему путем сортирования зерен (триерование, пневмосортирование и пр.).   

С целью предотвращения заражения зерна патогенами или повреждения его во время хранения различными вредителями, проводится профилактическая обработка и обеззараживание зернохранилищ, оборудования, транспорта, тары и т. п. Тщательная уборка прилегающей территории, удаление остатков зерновой пыли, зерноотходов, сорных культур, а также удаление возможных источников питья для грызунов помогут защитить хранилища с зерном от возможного нанесения ущерба.