Для получения полноценного урожая озимого ячменя необходимо постоянно соблюдать меры защиты посевов от возможных болезней и вредителей этой культуры. Ущерб, наносимый такими видами фитофагов как злаковые мухи (ячменная O. pusilla Mg. и овсяная Oscinella frit L.), проволочники (род Agriotes Esch), озимые совки (Agrotis segetum Schiff.), пьявицы (красногрудая Oulema melanopus L. и синяя луговая O. lichenis Voet.), листовые пилильщики (пшеничный черный пилильщик Dolerus nigratus Mull. и пшеничный желтый пилильщик Pachynematus clitellatus Lep.), хлебные блошки (полосатая хлебная Phyllotreta vittula Redt. и стеблевая хлебная Chaetocnema hortensis Geoffr.), злаковые тли (Sitobion avenae F.), а также хлебный жук кузька (Anisoplia austriaca Hrbst.) может составить от 15 до 30% от урожая, а иногда и больше. Поэтому предупреждение появления и защита полей от этих вредителей – одна из насущных задач, стоящих перед агрономами.   
Злаковые или шведские мухи относятся к наиболее опасным вредителям озимых посевов колосовых культур, в том числе и озимого ячменя. Это маленькие (не более 3 мм) мухи черного цвета с выпуклой спинкой, питаются нектаром различных растений и пыльцой злаков, предпочитают теплый и влажный климат. Они откладывают яйца на стебли всходов озимых (в фазе первого и второго листа), изредка – на почву около всходов.

После эмбрионального развития (от 3 до 8 дней) появляются личинки, которые в период своего развития (от 10 до 22 дней) питаются внутренней нижней частью молодых стеблей, в результате чего рост стебля прекращается. Первый внешний признак повреждения стебля – пожелтение и увядание центрального листа, после чего все растение погибает. При поражении боковых стеблей растение выживает, но урожайность его снижается на 20%.
Взрослые личинки зимуют внутри стеблей озимых всходов и на диких злаках, затем окукливаются. Развитие куколок продолжается от 5 до 35 дней, и в период с начала мая до начала июня из поврежденных растений вылетают взрослые мухи. Их вылет совпадает с периодом цветения злаковых культур, и личинки шведской мухи летнего периода питаются зерном ячменя, достигшим молочной спелости. При значительном заражении посевов этими насекомыми потери урожая могут достичь 70% и более.
В качестве превентивных мер, ограничивающих повреждение полей озимого ячменя этими насекомыми, проводится глубокая зяблевая вспашка, пространственная изоляция посевов ярых и озимых культур, соблюдение оптимальных сроков сева, лущение стерни, борьба с сорняками и соблюдение севооборота. Для более действенной защиты применяется обработка семян перед посевом и опрыскивание полей инсектицидами. 

Озимым посевам в осенний период могут нанести большой урон личинки жуков-щелкунов – проволочники. Они имеют червеобразное, длиной до 45 мм тело с жестким блестящим панцирным покровом. Повреждают набухшие зерна посевов, полностью выгрызая их содержимое до оболочки, прогрызают большие глубокие отверстия в проростках, подтачивают корневую систему всходов, что приводит к сильному их разреживанию и значительной потере урожая. 
Обычно проволочники собираются в гнезда, где живут группой (семьей) из 5 – 10 личинок. Молодые растения повреждаются до наступления фазы стеблевания, личинки пронизывают подземную часть стебля, угнетая само растение и замедляя его развитие. Продолжительность жизненного цикла личинок (фаза развития) может продолжаться от 2 до 5 лет. Наибольшее предпочтение они отдают тем участкам, где растут пырей и пшеница, а также ячмень и другие злаковые. 

Для значительного сокращения численности вредоносных личинок на полях практикуется глубокая зяблевая вспашка, тщательное уничтожение всех растительных остатков, в первую очередь – корневищ пырея и других злаковых растений, нейтрализация кислых почв, чередование посевов зерновых с посевами бобовых (соблюдение правильного севооборота), внесение в почву аммонийсодержащих азотных удобрений (аммиачная вода). Жуки-щелкуны откладывают яйца в почву на глубину 1 – 3 см весной, в конце апреля – мае. Интересно, что прямые солнечные лучи предотвращают появление из яиц личинок. Поэтому поверхностное рыхление почвы в мае – июне также помогает избавиться от этих вредителей.
Для получения более высоких результатов в борьбе с проволочниками применяют инсектицидно-фунгицидные составы.
Как и проволочник, озимая совка тоже принадлежит к многоядным фитофагам и является опасным вредителем сельскохозяйственных культур.  Ее гусеницы уничтожают озимые злаки, поедая семена, семядольные и первые настоящие листья, повреждают корневые шейки и молодые стебли, а иногда съедают растение полностью. Зимуют гусеницы в почве, на глубине до 30 см, а весной уже при температуре грунта не менее +10° С перемещаются в верхние его слои, где окукливаются. Вылет бабочек происходит в конце мая и продолжается до начала августа. Спустя несколько дней после вылета бабочка откладывает яйца (их может быть до 1000 шт.) на различных растениях, а также на растительных остатках и поверхности грунта. Гусеницы появляются через 4 – 15 дней и первое время питаются листьями и другими частями растений, активно поедая всходы. Это происходит с середины июня до середины июля. В этот период целесообразно проводить меры по их уничтожению, потому что более взрослые гусеницы перемещаются с листьев в верхний слой грунта и питаются только в ночное время.

После окончания питания гусеницы озимой совки окукливаются в почве на глубине 1 – 3 см. И уже с середины июля и до начала сентября происходит вылет второго поколения бабочек. Их яйцекладки на озимых культурах можно обнаружить уже во второй половине августа. Именно второе поколение бабочек озимой совки причиняет наибольший вред всходам озимого ячменя, поедая зерно и листья. 
С целью уменьшения численности озимой совки на посевах озимого ячменя необходимо применять профилактические меры (предпосевное протравливание зернового материала, тщательное возделывание посевных площадей и уничтожение сорняков и растительных остатков, проведение культивационных работ в период массовой яйцекладки озимой совки, соблюдение правильного севооборота и пр.) и своевременную обработку почвы. Очень хороший результат дает такой биологический метод защиты как выпуск трихограмм на всходах озимого ячменя в период массового откладывания яиц бабочками.